Struktur organisasi Dinas Pertanian Berdasarkan Peraturan Bupati Halmahera Timur Nomor 36 Tahun 2021, terdiri dari:
- Kepala Dinas - Kepala Dinas Pertanian berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah, mempunyai tugas membantu Bupati melaksanakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah dan tugas pembantuan di bidang pertanian.
- Sekretariat - Sekretariat Dinas Pertanian dipimpin oleh seorang Sekretaris yang Berkedudukan berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas
- Sekretaris - Sekretaris Dinas Pertanian mempunyai tugas memberikan pelayanan teknis dan administrasi kepada seluruh unit kerja di lingkungan Dinas Pertanian
- Bidang Praarana, Sarana dan Penyuluhan - Dipimpin oleh seorang Kepala Bodang yang berkedudukan berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas Pertanian. Mempunyai tugas penyusunan, pelaksanaan kebijakan, dan pemberian bimbingan teknis, serta pemantauan dan evaluasi di bidang Prasarana Sarana dan Penyuluhan
- Bidang Tanaman Pangan dan Hortikultura - Dipimpin oleh seorang Kepala Bodang yang berkedudukan berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas Pertanian. Mempunyai tugas penyusunan, pelaksanaan kebijakan, dan pemberian bimbingan teknis, serta pemantauan dan evaluasi di bidang Tanaman Pangan dan Hortikultura
- Bidang Perkebunan - Dipimpin oleh seorang Kepala Bodang yang berkedudukan berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas Pertanian. Mempunyai tugas penyusunan, pelaksanaan kebijakan, dan pemberian bimbingan teknis, serta pemantauan dan evaluasi di bidang Perkebunan
- Bidang Peternakan - Dipimpin oleh seorang Kepala Bodang yang berkedudukan berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas Pertanian. Mempunyai tugas penyusunan, pelaksanaan kebijakan, dan pemberian bimbingan teknis, serta pemantauan dan evaluasi di bidang Peternakan
Jika gambar struktur organisasi tidak tersedia, ringkasan di atas menjelaskan susunan unit kerja yang bertanggung jawab atas pelaksanaan program teknis.